Skażeniom substancjami ropopochodnymi często towarzyszą zanieczyszczenia metalami ciężkimi. Ich obecność może mieć znaczny wpływ na proces biodegradacji węglowodorów. Wyniki uzyskane dla szczepów Gordonia alkanivorans S7 i Pseudomonas fluorescens SL3 jednoznacznie wskazują, że obecność jonów żelaza w stężeniach 15-100 mgFe/dm3 powoduje ograniczenie wzrostu i zdolności do degradacji węglowodorów oleju napędowego. Jakkolwiek dodatek tych jonów w ilości 1-7 mgFe/dm3 może okazać się korzystny dla procesu biodegradacji. Dawki jonów żelaza w ilości 50-100 mg Fe/dm3 ograniczają aktywność emulgacyjną szczepów. Nadmiar tych jonów kumulowany jest w komórkach badanych szczepów.